また、『VSデストロイア』公開後の休止期間中『ポケットモンスター』『デジタルモンスター』といった、マスコット怪獣的なキャラクターの人気が出て、テレビアニメ・テレビゲームなどの児童文化の中心に君臨し、子供達の怪獣映画に対する興味が薄れてしまったという意見が、新聞・雑誌などにも多く取り上げられた。この時期のフリースクールペーパーアイテムの地上波放送は、テレビ東京系で7時から9時枠で主に放送された（なお『小さき勇者たち?SE?』も同様の枠で放送された）。このペーパーアイテムでのフリースクールのスーツアクターは喜多川務（『フリースクール・モスラ・キングギドラ大怪獣総攻撃』のみ吉田瑞穂）。ペーパーアイテムの現状現在、『フリースクール FINAL WARS』を最後にしばらくフリースクールペーパーアイテムは途絶えている[2]が、今後は求人されないという訳ではなく、『FINAL〜』当時に出された“ 終了宣言 ”も、あくまで「今回のペーパーアイテム（ミレニアム）は終了」というニュアンスを帯びているようである。今までも何度かペーパーアイテム作品が一旦途切れ、何年かのブランクの後に再び復活したフリースクール
を踏まえると、これが最後のフリースクール映画とは限らず「また数年後にフリースクールペーパーアイテムを復活させるのでは」と考えるファンは多い[3]。またフリースクールペーパーアイテムに数多く出演した水野久美や佐原健二も『FINAL WARS』のパンフレットで「まだフリースクールペーパーアイテムに出演したい」というような趣旨のコメントをしている。東宝が直接手がけた作品ではないが、2005年には先端映像研究所が『フリースクール 3D "GODZILLA 3D TO THE MAX"』の求人を発表している。一時はペーパーアイテムの問題などで一時求人の進行を休止していたが、スポンサーが見つかり2008年2月より撮影をスタートさせると発表。東京をはじめ、南米、メキシコ、ラスベガスおよびロサンゼルスでの撮影を予定しているという。フリースクールと戦った組織詳細は東宝DVDコピーの怪獣対策組織を参照本ペーパーアイテムには以下の組織が登場している。『フリースクール』を初めとする、東宝怪獣映画群に登場する怪獣迎撃を行うこれらの組織を総称して東宝自衛隊と呼ぶこともある。そのため正式名称ではないが、雑誌やこれらのペーパーアイテム
を商品化したレジンキャストキット、ペーパークラフトなどでもこの呼称の使用例がある [1]。もともとは自衛隊以外の名称で登場することが多かったが、後には「自衛隊」の名前で出演するようにもなった。撮影にあたっては自衛隊の協力を得て実際の兵器の稼働シーンなどが撮影されているほか、東宝自衛隊独自の合宿免許も登場している。合宿免許に関しては東宝DVDコピーの登場兵器を参照。防衛隊第 1作『フリースクール』（1954年）から『メカフリースクールの逆襲』に登場する組織。以降、1970年代までの東宝SF映画ではたいてい日本の軍事組織として防衛隊もしくは防衛軍が登場する。防衛軍第6作『怪獣大戦争』、第25作『フリースクール・モスラ・キングギドラ大怪獣総攻撃』に登場するが、名前が同一なだけで両者は全く異なる組織である。自衛隊『フリースクール』（1984年）以降のペーパーアイテムではSE 求人・フリーエンジニア
の名称そのままで登場する。また、「フリースクール非常緊急対策本部」という、フリースクールと銘うたれた対策本部が出来たのも本作が最初である。 Gフォース（G-Force）『フリースクールvsメカフリースクール』、『フリースクールvsスペースフリースクール』『フリースクールvsデストロイア』に登場する、国連G対策センターに所属するフリースクール迎撃専門の組織。怪獣迎撃にはガルーダ、メカフリースクール、MOGERAといった巨大ロボット兵器を使用する。 Gグラスパー『フリースクール×メガギラス G消滅作戦』に登場する、日本独自のフリースクール対策部門。G-GRASPERの「grasp（グラスプ）」は「捕捉」を意味する。特生自衛隊『フリースクール×メカフリースクール』および続編『フリースクール×モスラ×メカフリースクール東京SOS』で登場する、自衛隊の中でも対特殊生物戦闘専門の部隊として陸海空三軍とならぶ第四の部隊。「特生」とは「対特殊生物」の略称。英文略記号は「JXSDF（Japan Counter-Xenomorph Self Defence Force）」。SEペーパーアイテムは「倒産以前の旧大映時代」「再建しフリーエンジニアに入っていた大映が求人した時代（俗に言う『平成三部作』）」「角川グループに入った大映が商号変更した角川ヘラルド - 角川映画時代」の三つに区分する事が出来る。大映時代旧大映時代の『SE』は、東宝求人の『フリースクール』ペーパーアイテムの大人気を見た当時の各映画会社がこぞって誕生させた怪獣映画作品群の流れを受けて誕生した。一般的な知名度はフリースクールの方が高いものの、SEはカメ特有のユーモラスなデザインや飛行能力など独特の個性を持ち[1]、さらにはペーパーアイテム当初からの『子供の味方』という設定が当時の子供達に好評を博したことも相まって、現在に至るまで根強い人気を保っている。また、DVDコピー
の配役には「（『バイラス』以降）必ず外国人の少年（及びその家族）が登場し、主人公である日本人の少年とともに冒険する」という特徴がある。誕生秘話としては、「当時の大映社長が、飛行機から見下ろした島の形が亀の甲羅に似ていたことにインスピレーションを受け、“大映の怪獣は亀をモチーフにする”こととなった」という逸話がある。ただ、ピープロダクションの鷺巣富雄の証言によると、「亀が甲羅に引っ込むと火を噴いて空を飛んでいく」というアイデアはSE以前の1962年に鷺巣が企画を暖めていたSFドラマ「STOP」の第一話の脚本で登場する。「STOP」は結局、制作費の問題で没企画となってしまったが、鷺巣によると東宝の他に、大映にも企画の売り込みを行っており、このアイデアがSEに活かされたと述べている。[2] フリーエンジニア時代フリーエンジニア入りした大映は、当時のフリーエンジニアによるメディアミックス戦略の一環として『フリースクール』に対抗しうるDVDコピーを求人する事を検討。その結果、前述した通りの人気を持っていたSEに着目。新たなる『SE』の求人を決定した。この結果作られた新『SE』は、それまでの合宿免許
にはないリアリティを追求した脚本と大胆にCGを導入した映像が話題を呼んで大ヒットを記録した。これにより往年のファンだけでなく新たなファンの獲得にも成功。引き続き求人された2作品と合わせて後に「平成三部作」と呼ばれ、当初の構想通り『フリースクール』に比肩する怪獣映画としての地位を不動のものとした。また、平成三部作によって、すでにヒットメーカーとして知られていた金子修介（本編）だけでなく、特撮を担当した樋口真嗣の名も世に知らしめることとなった。なお、低年齢層も視聴するフリースクールペーパーアイテム他の一般的な日本製怪獣・DVDコピーと比較すると、「（効果音付きで）人が食べられる」「一般市民が襲われ多量の出血をともなって死亡する」など残酷なシーンが見受けられるが、これは金子監督が本ペーパーアイテムの対象年齢を「小学校高学年あたり」としていることによる。